Wykrywanie grypy A podtyp H5N1

Wykrywanie grypy A podtyp H5N1 wirusa LightCycler za pomocą instrumentów Roche Applied Science i TIB Molbiol poinformował o dostępności systemu testów do wykrywania wirusa H5N1, wykorzystując Roche Applied Science LightCycler PCR w czasie rzeczywistym Systems, w połączeniu z parametrem specyficznych odczynników (LightMix odczynnika) z TIB Molbiol.

Grypy typu A

Wirusy grypy około 100 nm. Genom składa się z ośmiu Infa jednej nici RNA negatywne między 900 i 2400 nukleotydów. Ptaki są nosicielami różnych wirusów Infa, w 2-5% populacji dzikich ptaków nosicielami wirusa Infa (Niesters, Virology Rotterdam). Większość wirusów Infa nie są zabójcze dla ptaków i nie może być przenoszona na ludzi. Wyróżniamy się wirusa przez hemaglutyniny (HA lub H) oraz neuraminidazy (N) glikoprotein, z których oba są zintegrowane w błonie wirusa. typ wirusa H1N1 spowodował śmiertelny hiszpański Pandemia grypy w latach 1918-1920, rodzaje H2N2 i H3N2 są powszechnie obecne w ludzi. Rzeczywista ptaków wirusa H5N1 spowodował kilka przypadków śmiertelnych ludzi w Azji i niedawno w Turcji, ale nie wydaje się powodować zakażenia z człowieka na człowieka. Wirusy RNA są szybkie wykrycie mutacji i należy koncentrować się na konserwatywnym regionom sekwencji. Korzystny gen szeroki wykrywania Infa jest białka macierzy (M) genu. Testy do wykrywania rzeczywistych wirusa H5N1 musi wykryć tych dwóch specyficznych genów. Testy oparte na RNA wirusa hybrydyzacji sond FRET może być bezpieczniejsze, jak wykryć również nowe warianty występujące, ponieważ będą one nadal generują specjalny sygnał w analizie krzywej topnienia nawet kilka baz w miejscu wiązania są wymieniane. LightMix składa się z produktów LightMix wstępnie starterów i sond hybrydyzacji do użytku z serii Akty LightCycler 1.x, 2.0 i 480 z Roche Diagnostics.The produkt liofilizowany w 6 oddzielnych fiolkach, 16 reakcji każdy, co daje łącznie 96 reakcji. Także w tym liofilizowane standard wiersz do analizy ilościowej od 10 do 10E6 ekwiwalenty za cel reakcji. Produkty są testowane FastStart / FastStart DNA Master Plus hybrydyzacji sond LightCycler wersje Akty 1.x i 2.0. LightMix produkty nie zawierają polimerazy bufor lub dNTP.

LightMix zestawy do badania grypy H5N1

Wirusa grypy jest wirusem RNA. Wykrywanie RNA wymaga przygotowania cDNA przed amplifikacji DNA metodą PCR, które ewentualnie mogą być wykonywane w One-Step reakcji RT-PCR. LightMix  M2 cele genu białka macierzy do wykrywania szerokiej gamy grypy, w tym istniejące Azji izolatów H5N1 (2004/2005).

nr zamówienia

Produkt

LightCycler

Kit rozmiar

40-0219-16

LightMix

H5

1.x, 2.0, 480

96 rxns

40-0230-16

LightMix N1

1.x, 2.0, 480

96 rxns

 

40-0234-16

LightMix M2

1.x, 2.0

96 rxns

 

40-0277-96

LightMix M2 HT

480

480 rxns

 

40-0242-16

LightMix H5N1

1.x, 2.0

96 rxns

 

 

Tylko Badawcze.

Wykrywanie strategii – M2 przesiewowych i badań na H5 i N1 genów Aby ekran próbek wirusa grypy cDNA / RNA (wykrywany za pomocą sond oznaczone LightCycler Red 640) korzystać z LightMix do wykrywania wirusa grypy M2. Ten LightMix zawiera również wewnętrzną kontrolę PCR (IPC, wykrytych za pomocą sond oznaczone LightCycler Red 705) zapobieganie wyniki fałszywie ujemne z powodu hamowania PCR. W przypadku pozytywnych wyników dla wirusa grypy A cDNA próbki można poddać dalszej analizie z LightMix w celu wykrycia wirusa grypy H5 i jeśli dalszego definiowania jest to konieczne z LightMix w celu wykrycia wirusa grypy N1. Alternatywnie wykrywania funkcji H5 i N1 genów wirusa grypy A może być dokonana z LightMix w celu wykrycia wirusa grypy H5N1 w jednej kapilary. Ten LightMix opiera się na reakcji PCR duplex w celu wykrycia wirusa grypy H5 z sondami cDNA znakowane LightCycler Red 640 i wirus grypy A z sondami cDNA N1 oznaczone LightCycler Red 705.

Podstawa – Wybór sekwencji

Starterów i sond wykorzystywanych do wykrywania genu H5 zostały opracowane od stycznia 2004 roku na podstawie sekwencji wirusa wyizolowanych w Tajlandii. Wzmocniony fragment genu jest składnikiem produktu PCR rekomendowany (czerwiec 2005) przez WHO, Genewa. Nasza analiza wykazała Blast 179 i 360 meczach 100% tożsamości WHO starterów, natomiast LightMix podkłady H5 meczu 337 i 375 haseł i 366 i 356/375 pasuje do LightMix H5N1 PCR duplex. Pierwsza wersja LightMix produktu H5 został przetestowany na ponad 50.000 próbek w krajach azjatyckich i może być uznany przetestowana. Niemieckie laboratorium referencyjne dla grypy Człowieka certyfikat zadowalający czułość LightMix produktu H5, inne badania walidacyjne są w toku. Starterów i sond wykorzystywanych do wykrywania N1 genu zostały wybrane w sprawie dostosowania sekwencji wirusa H5N1 Azji. Porównanie między podkłady, którzy wykazują 114 i 124 meczach, w przeciwieństwie do 357 i 258 meczach z LightMix starterów. Niemieckie laboratorium referencyjne dla grypy ludzkie znaleziono najwyższej czułości za pomocą LightMix . LightMix produktu do wykrywania genu Matrix opiera się na wcześniejszych wzorów opublikowanych przez Smith i in. al. 2003. Sondy wykrywania zostały zmienione i starterów dobrane zgodnie z publikacji z Schweiger i inni, 2000 a następnie zmodyfikowany w celu wykrycia rzeczywistych H5N1virus izolatów.

Czułość i swoistość

Wszystkie LightMix produkty zostały przetestowane przy użyciu cDNA uzyskane z izolatów wirusa H5N1 Azji. Wrażliwość mierzono za pomocą plazmidu wierszy rozcieńczania zawierające odpowiednie cele. Czułość wszystkich PCR jest co najmniej 10 genomu odpowiedników.

Walidacja

Jeden cel testów H5 i N1 i gen matrycy zostały przetestowane przez niemieckie AIV laboratoriów referencyjnych grypy ludzkiej (Robert-Koch-Institut, RKI) i lekarz weterynarii grypy (Friedrich-Löffler-Institut, FLI). Oświadczenie RKI od listopada 2005 r. był dodatni. Czułość testu z N1 był lepszy od wszystkich innych testach dostępne. Oświadczenie FLI od stycznia 2006 również było dodatnie: „nadaje się do wykrywania genomu AIV” i „test test H5 i N1 wykryte wszystkie aktualne izolatów H5N1.

Informacje o bolgardla

Blog o bólu gardła
Ten wpis został opublikowany w kategorii grypa i oznaczony tagami , . Dodaj zakładkę do bezpośredniego odnośnika.

Skomentuj

Please log in using one of these methods to post your comment:

Logo WordPress.com

Komentujesz korzystając z konta WordPress.com. Log Out / Zmień )

Zdjęcie z Twittera

Komentujesz korzystając z konta Twitter. Log Out / Zmień )

Facebook photo

Komentujesz korzystając z konta Facebook. Log Out / Zmień )

Google+ photo

Komentujesz korzystając z konta Google+. Log Out / Zmień )

Connecting to %s